施用未经发酵畜禽粪便的缺点：

1.病虫害感染：直接使用未成熟的有机物会导致病虫害的传播，作物的发病率也会影响农产品食用者的健康；

2.发酵幼苗：未发酵的生粪施入地内后，当水分等发酵条件满足时，生粪开始发酵，发酵产生的热量会影响作物的生长；

3.土壤缺氧：有机物在分化过程中消耗土壤中的氧气，会抑制作物的生长。因此，只有堆肥腐熟，达到无害化处理，才能定心施用；

4.肥效缓慢：未发酵成熟的有机肥中的营养物质多为有机或缓效，不能被作物直接吸收利用。只要分化成态，作物就能吸收利用；

5.体积大:未经发酵腐熟直接施用，粪便体积大，含水量高，运输应用非常不方便。因此，只有通过堆肥腐熟，达到无害化处理，才能定心施用。